السلطة البحرية مسؤولة عن الإشراف على الامتثال لمتطلبات الأمن البحري للسفن العمانية والأجنبية في المياه الإقليمية العمانية. يشمل ذلك إجراء عمليات تفتيش وتحقق لضمان امتثال السفن لمتطلبات الاتفاقية الدولية لسلامة الأرواح في البحر (SOLAS) ومدونة أمن السفن والمرافق المينائية الدولية (ISPS). يمكن للسلطة البحرية إصدار شهادات أمنية دولية مؤقتة للسفن صالحة لمدة تصل إلى 180 يومًا، ويمكنها تجديد شهادات الأمن الدولية الكاملة لمدة 5 سنوات إذا استمرت السفينة في تلبية المتطلبات. يمكن للسلطة البحرية أيضًا تعيين والإشراف على ضباط أمن مرافق الموانئ والموافقة على خطط أمن مرافق الموانئ. يجب أن تحتوي السفن على خطة أمنية معتمدة على متنها، ويمكن للسلطة البحرية إجراء تفتيشات غير معلنة للتحقق من الامتثال للتدابير الأمنية.